Nach einer schweren Kriegsverletzung zog sich der spanische Edelmann Ignatius von Loyola (1491-1556) in ein streng geistiges Leben zurück. In Visionen erschien ihm die Mutter Maria. 1534  gründete er einen neuen Orden, die Jesuiten. Schon im 15. Jh. wurden arge Missstände in der Kirche bekannt. Im 16. Jh. prangerte der deutsche Mönch Martin Luther diese Missstände an: weltliches Leben in den Klöstern, Geistliche hielten sich nicht an den Zölibat, Luxus und Verschwendungssucht machten sich breit, die Ordensregeln wurden nicht mehr eingehalten. Vor allem aber trat Luther gegen den Ablasshandel auf: Wer sündigte, konnte sich mit Geld freikaufen. Luther gründete die protestantische bzw. evangelische Kirche und fand ungeahnten Zulauf. In der katholischen Kirche waren dringend Reformen nötig. Dazu wurde das Konzil von Trient (1545- 1563) einberufen, um der katholischen Religion neuen Aufschwung zu geben. Das gelang auch. Die Jesuiten wurden zu einem bedeutenden Träger dieser neuen Reformen. Sie unterstanden direkt dem Papst und wurden als „Soldaten Gottes“ bezeichnet. Es fehlen die typisch monastischen Kennzeichen wie gemeinsames Chorgebet, Ordenstracht, Konventbildung etc. Die Mitglieder leben in einem Kolleg, nicht in einem Kloster. Es gibt keinen geschlossenen Ordensverband, wichtig ist das Vertrauen auf die individuellen Fähigkeiten des Einzelnen. Bischöfe oder Landesfürsten holten die Jesuiten nach Deutschland und Österreich. Sie übernahmen die Schulbildung und Erziehung der männlichen Jugend des Adels. Auf sie gehen zahlreiche Gründungen von Gymnasien und Universitäten zurück. So führten sie etwa die Gymnasien in Innsbruck und in Hall. Zahlreiche Mitglieder der Habsburger und Wittelsbacher, aber auch anderer Herrscherhäuser, wurden von ihnen ausgebildet und erzogen. Weiters waren sie Beichtväter des Adels und Prediger. Sie gewannen großen Einfluss auf den Hochadel und die Politik. Bekannt sind sie auch wegen ihrer Missionstätigkeit in Übersee (Indien, China, Molukken, Südamerika etc.). Viele Mitglieder des Ordens haben ein Studium und sind in hohen wissenschaftlichen Positionen präsent, vor allem in den Theologischen Fakultäten. Neben dem hl. Ignatius von Loyola war vor allem Franz Xaver bekannt, der in Übersee missionierte. 1561 holte Kaiser Ferdinand I. die Jesuiten nach Innsbruck. Petrus Canisius (1521-1597) war einer der bedeutendsten Verteidiger des katholischen Glaubens zur Zeit der Gegenreformation im deutschen Sprachraum. Er war Prediger, Theologieprofessor sowie Berater von hohen weltlichen und kirchlichen Fürsten. 1562 gründete er das Jesuitenkolleg in Innsbruck, 1569 das Haller Kolleg. 1915 wurde Petrus Canisius heiliggeprochen. Er ist Patron der seit 1964 bestehenden Diözese Innsbruck. Mutterkirche der Jesuiten ist Il Jesu in Rom. Jesuitenkirchen sind meist Hallenkirchen.